FAIR原则在GnpIS植物表型数据管理中的应用

FAIR原则在GnpIS植物表型数据管理中的应用

本文介绍了植物表型数据库GnpIS,并说明了FAIR原则在其中的应用,植物表型资讯介绍如下:

 

GnpIS表型概念数据模型

GnpIS是一个植物表型数据库,可存储包括环境测量在内的整个田间和温室实验数据,通过使用灵活、新颖的方法,按照FAIR原则(可查找、可访问、可互操作和可重用)长期访问数据集。基于通用和本体驱动的数据模型以及创新的软件体系结构,可以将数据的集成、存储和查询分离开来。

微信图片_20190505143839GnpIS-Ephesis数据检索

GnpIS参照国际标准,包括Crop Ontology、MIAPPE和Breeding API,可处理各种物种和实验类型的数据,包括多年生植物实验网络或具有原始数据(即直接测量或计算性状)的年度植物试验,并且能够与其他数据存储库互操作,从而允许表型和其他数据类型之间的数据链接。它还通过与提供数据的社区密切合作,对关键资源进行仔细管理和注释,确保了表型分析数据集和基因分型数据之间的集成和互操作性。这个存储库遵循开放科学数据发布原则,可确保每个数据集的可用性。因此,GnpIS可以为新兴的国际信息系统联合会做出贡献。

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GnpIS-Ephesis信息系统架构

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主要GnpIS-Ephesis结果页面概述

来源:

C. Pommier, C. Michotey, G. Cornut, et al., Applying FAIR Principles to Plant Phenotypic Data Management in GnpIS, Plant Phenomics, DOI: 10.34133/2019/1671403

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