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免费开源根系分析软件RhizoVision Explorer

免费开源根系分析软件RhizoVision Explorer

  • 分类:行业新闻
  • 作者:慧诺瑞德
  • 来源:本站
  • 发布时间:2020-11-06 14:02
  • 访问量:

【概要描述】

免费开源根系分析软件RhizoVision Explorer

【概要描述】

  • 分类:行业新闻
  • 作者:慧诺瑞德
  • 来源:本站
  • 发布时间:2020-11-06 14:02
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美国Noble研究所的年轻科学家Larry York近期发布了一款免费、开源的根系分析软件——RhizoVision Explorer。该软件有望实现根系图像中根与背景形成高对比度、照明均匀以及根系重叠最小化。该软件内置C ++,可以提高速度和稳定性,以QT为图形用户界面,以OpenCV进行图像处理。

 

通过使用一个物理铜线地面真实图像集、数千个模拟根以及与其他图像分析软件的比较,RhizoVision Explorer提取的性状已经得到广泛验证。默认的“断根”模式是指从土壤或花盆中断开的根系获取长度、体积、分枝频率等特征,并根据直径阈值存储测量值。“全根”模式能够提取较为完整根系的其他结构特征,尤其是挖出的根冠或根茎,例如凸包,角和孔。该软件支持多个根系部位、批处理和用户自定义的重叠功能的已处理图像的导出。

 

 

最低要求:Windows 10或8操作系统、Intel或AMD x86_64处理器和8GB内存。如果处理器支持Intel AVX 2.0,则代码将得到优化。

 

许可:您可以根据Noble通用公共许可证重新分配或修改它。

 

源代码:源代码可在GitHub上获得。

 

引用:软件开发者恳请您在演示和出版物中引用该软件时,请使用DOI表示可重复使用的版本。

 

Seethepalli,Anand,&York,Larry M.(2020年)。 RhizoVision Explorer-面向所有人的通用根图像分析交互式软件(版本2.0.2)。Zenodo. http://doi.org/10.5281/zenodo.4095629

 

请考虑在可公开访问的存储库中共享您的数据集、统计分析代码,甚至用于RhizoVision Explorer的设置文件,例如Zenodo,DataDryad,Figshare,CyVerse Data Commons或其他。

 

安装程序:下载下面的RhizoVisionExplorer-2.0.2-windows-x64.zip并将zip文件解压缩到本地目录并运行RhizoVisionExplorer.exe. Windows Defender或其他应用程序可能会提示您确认应用程序的安全性。

 

插图手册以PDF格式包含在RVE下载的manual文件夹中。

 

Imageexamples文件夹包括用RhizoVision Crown平台拍摄的小麦根冠PNG文件和扫描断开的小麦根系JPG文件,以供测试之用。

 

如果有任何疑问或意见,请联系创作者:

Anand Seethepalli

计算机视觉分析师

aseethepalli@noble.org

anand_seethepalli@yahoo.co.in

 

Larry M. York

Assistant Professor

lmyork@noble.org

 

下载链接:

ARhizoVisionExplorer-Screenshot.PNG

RhizoVisionExplorer-2.0.2-windows-x64.zip

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