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基于图像的自动表型分析在向日葵根系病害中的应用

基于图像的自动表型分析在向日葵根系病害中的应用

  • 分类:植物表型资讯
  • 作者:PhenoTrait
  • 来源:本站
  • 发布时间:2021-08-10 06:10
  • 访问量:

【概要描述】本文提出了向日葵O.cumana在受控条件下的相互作用的表型分析工具,该工具通过图像分析在其相互作用的早期阶段进行分析。

基于图像的自动表型分析在向日葵根系病害中的应用

【概要描述】本文提出了向日葵O.cumana在受控条件下的相互作用的表型分析工具,该工具通过图像分析在其相互作用的早期阶段进行分析。

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  • 作者:PhenoTrait
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欧洲向日葵的主要威胁之一是寄生植物奥罗班彻(Orobanche cumana)。目前,已开发抗性向日葵品种,但是新型O.cumana已经进化并克服了抗性基因的渗入,这导致了对新的抗性方法的不断需求。筛选抗性需要成千上万的向日葵植株对不同的O.cumana进行表型分析。大多数表型实验都是在相互作用后期的田间进行的,需要时间和空间。受控条件下的快速表型筛选方法所需空间小,且允许筛选多种向日葵基因型的抗性。本文提出了向日葵O.cumana在受控条件下的相互作用的表型分析工具,该工具通过图像分析在其相互作用的早期阶段进行分析。

 

在根瘤菌中生长的接种向日葵根上对O. kumana tuberculs的表型分析

 

研究人员通过在生长室中使用 rhizotrons来控制培养条件和接种物来观察向日葵和O.cumana相互作用。利用带有picamera树莓Pi计算机集接种后3周的向日葵根系图像。利用ImageJ free软件设置了一个宏,用于自动计算结节数量。这个表型分析工具被命名为 RhizOSun。结果表明,利用RhizOSun自动计数与人工计数具有较高的相关性,可用于向日葵基因型的筛选。

 

自动计数结节数的图像分析步骤

 

综上所述,该方法快速、准确、成本低。它允许随着时间的推移对大量的Rhizotron进行快速成像,并能够对所有数据进行图像跟踪。这为rhizotrons表型的自动化铺平了道路,可用于其他根系表型,如豆科共生根瘤。

 

使用 RhizOSun 在结核阶段观察到的各种易感性/抗性表型

 

来源:

A. Le Ru, G. Ibarcq, M.- C. Boniface, A. Baussart, S. Muños & M. Chabaud. Image analysis for the automatic phenotyping of Orobanche cumana tubercles on sunflower roots. Plant Methods volume 17, Article number: 80 (2021). https://doi.org/10.1186/s13007-021-00779-6.

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