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冬小麦抗旱育种中远程表型分析、GWAS和可解释AI的重要作用综述
发布时间:
2024-04-22
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标记辅助选择(MAS)在作物育种中扮演着至关重要的角色,其能够迅速而可靠地辨识和选择具备所需特征的植株,从而提高传统育种方案的速度和精准度。然而,MAS的有效性受多个前提条件的影响,其中精准的表型分析是任何植物育种计划中至关重要的一环。最新技术进展将无人机与机器学习相结合,推动了高通量远程表型分析的发展,为传统费时费力的方法提供了一种非破坏性、高效的替代方案。此外,MAS通常依赖于通过全基因组关联研究(GWAS)获得的标记-性状关联知识来理解复杂性状,如耐旱性、产量组分和物候期。然而,GWAS存在局限性,而人工智能(AI)已在一定程度上克服了这些限制。此外,人工智能及其可解释的变体确保了透明度和可解释性,在整个育种过程中作为公认的问题解决工具得到越来越广泛的应用。鉴于这些技术的快速进步,本综述总结了每种MAS的最新方法和流程,从表型、基因型和关联分析到整个工作流程中可解释的算法的整合。我们特别讨论了冬小麦育种中面临的挑战和重要性,以获得更高的耐旱性和稳定的产量,因为关键发育阶段的区域性干旱对冬小麦生产构成威胁。最后,我们探讨了从科学进步向实际实施的过渡,并讨论了缩小尖端技术发展与育种者之间的差距的方式,加速基于MAS的冬小麦抗旱性育种。
图1 (A)基于SSP1情景的欧洲2060年气候预测,(B)热度增加导致小麦产量下降,以及(C)植物对水分匮乏的各种生理响应。具体而言,(A)中的预测显示相对于2020年,考虑到‘绿色之路’下最佳情景SSP1叙事的情况下,到2060年的年最高温度变化。在(B)中,随着植被期内热度的增加,小麦产量呈下降趋势。农场产量数据和热度代表了奥地利六个地区2002年至2014年的平均水平。在(C)中呈现了植物对干旱胁迫的生理反应概览。
图2 基于高通量无人机的基因型分析示意图。该流程说明了如何从原始数据、现场表型数据采集和原始图转化为结构化且连贯的数据集,用于后续的操作。
图3 描绘了冬小麦从发芽到成熟的主要发育阶段。这些发育阶段通过最重要的产量组分以及相邻表格中的BBCH分类进行对比。
图4 培育耐旱小麦基因型的过程依然繁琐耗时,但尖端技术有望加快育种进程。基于无人机的表型分析、GWAS 以及 MAS 正在得到越来越多的应用。然而,可解释人工智能发挥着跨流程和至关重要的作用,不仅应用于数据分析和解释,还在整个育种过程中的决策制定中起着关键作用,它不仅应用于数据分析和解释,还应用于决策制定。
Chang-Brahim I, Koppensteiner L, Beltrame L, et al. Reviewing the Essential Roles of Remote Phenotyping, GWAS and Explainable AI in Practical Marker-Assisted Selection for Drought-Tolerant Winter Wheat Breeding[J]. Frontiers in Plant Science, 2023, 15: 1319938.
doi: 10.3389/fpls.2024.1319938
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