RhizoNet:通过分割植物根系评估其生物量和生长情况以实现自我驱动实验


发布时间:

2024-07-04

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根系结构和生长是决定作物产量和可持续性的关键因素。由于土壤不透明,直接在土壤中检测根系形态在技术上具有挑战性。本研究开发了一种对细小结构敏感的植物根系分割新方法—RhizoNet(图1),旨在利用复杂的残差U-Net架构,使卷积神经网络(Convolutional Neural Networks,CNN)具备准确预测根部生物量并监测其随时间增长情况的能力,并重点介绍了其在分析生态系统构建(Ecosystem Fabrication,EcoFAB)中生长的植物根系的应用。
 

本研究以二穗短柄草为研究对象,由其在多种环境设置下(包括氮、钙、镁、钾和几种微量营养液)进行的两个独立实验获得的图像构成数据集,每个实验都以暴露于EcoFAB特定营养条件下的不同植物为特征。为展示RhizoNet在苛刻条件下的能力,作者测试了将RhizoNet纳入自动监测植物系统的可行性。通过改进前处理和后处理显著提高了分割结果的准确性。评估了三个参数下RhizoNet模型在六次根扫描上的性能,结果表明在所有实验的验证测试中都表现出很强的通用性。将人工测量的根重与自动分割得到的根重进行比较,patch为64时相关性达到91.04%,决定系数为82.87%,且具有较高的召回率,可以更准确地表示根粗。残差均方误差显示预测值在实际值的大约0.02个单位内,与数据中存在的可变性相比,该模型做出了准确的预测。以上结果实现了根部分割和表型的标准化,极大地帮助了在不同条件下对植物根部生长动态的精确评估;对数千张图像进行了系统化的加速分析,为实现自我驱动实验提供了理论途径。

 

图1. RhizoNet基于时间分辨EcoFAB图像的根系分割和根系生物量估算流程

 

图2. 根生物量:根重量(天平测量)、从图像计算的根面积(手工注释)和RhizoNet预测之间的比较。不同颜色表示不同培养基类型;不同符号表示计算根生物量的不同方法

 

图3. 使用三个RhizoNet版本对比分析实验2中的6个不可见图像。第1列:原始图像;第2列:手工注释图像;第3列:模型预测图像(patch为64);第4列:模型预测图像(patch为128);第5列:模型预测图像(patch为2565)

 

图4. 训练样本:分块大小不等,从左到右递增,对应128×128、256×256和全尺寸3000×2039像素

 

表1. 图像后处理前RhizoNet的分割评估

 

表2. 每个RhizoNet模型对6个不可见图像的评估

 

表3. 优化的RhizoNet模型对6个不可见图像的评估

 

来 源

Sordo, Z., Andeer, P., Sethian, J. et al. RhizoNet segments plant roots to assess biomass and growth for enabling self-driving labs. Sci Rep 14, 12907 (2024). https://doi.org/10.1038/s415 98 -024-63497-8

 

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