利用航空低空遥感和深度学习对甜菜黄化病毒的田间发病率进行评分


发布时间:

2024-08-22

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本研究探讨了高分辨率(<0.5 cm/像素)航空影像和卷积神经网络(CNNs)在甜菜病害发病率评分中的潜力,重点关注两种重要的蚜虫传播病毒,即甜菜轻黄化病毒(BMYV)和甜菜萎黄病毒(BChV)。在欧盟禁止新烟碱类杀虫剂的背景下,耐病甜菜品种的开发变得至关重要。然而,传统的病害表型分析方法依赖于人工专家的视觉评估,既耗时又主观。因此,本研究评估了航空多光谱和RGB图像是否能够实现与专家评分相媲美的自动化病害评级。为此,在2021年和2022年进行了两个品种试验。2021年的数据集用于训练和验证基于五个品种的CNN模型,而2022年的数据集用于测试不同于2021年使用的两个品种的模型。此外,本研究测试了使用转换后的特征而不是原始光谱波段来改善CNN模型的泛化能力。结果显示,基于RGB图像和转换特征训练的BMYV模型表现最佳,模型与专家评分之间的均方根误差得分为11.45%。这些结果表明,高分辨率航空影像和CNNs具有巨大潜力,但完全取代人类专业知识目前还不可行。本研究为病害表型分析方法提供了创新的途径,能够推动可持续农业和作物育种的进步。

 

图1 2021年6月8日,在晴朗天气下拍摄的第一试验地点的合成RGB图像。图中显示了不同接种变体(对照组、甜菜轻黄化病毒[BMYV]、甜菜萎黄病毒[BChV])以及基因型(编号从1到5)

 

图2 2022年5月20日,在晴朗天气下拍摄的第二试验地点的合成RGB图像。图中显示了不同接种时间点以及基因型。其中,'T'表示潜在的耐病甜菜基因型,而's'表示潜在的易感基因型。

 

图3不同基因型在接种甜菜轻黄化病毒(BMYV)和甜菜萎黄病毒(BChV)后病害的时间发展(2021年实验)。图例中的数字和相应的颜色与表1中描述的不同基因型相关。Dai表示接种后的天数;Gen表示基因型。

 

图4 2022年甜菜轻黄化病毒(BMYV)在不同时间点接种的易感($)和耐病(T)甜菜品种中的时间发展情况。

 

图5 甜菜轻黄化病毒(BMYV)和甜菜萎黄病毒(BChV)CiNN分类模型训练过程中的准确率和损失曲线。

 

图6 CNN分类模型中最后一层卷积层的激活图,用于甜菜轻黄化病毒(BMYV)和甜菜萎黄病毒(BChV)的分类。每种病害显示了两个示例图像。与激活图对齐的视觉症状区域用白色圆圈标出,而显示差异的区域用红色圆圈标出。

 

图7 2021年(首次实验)专家评分与无人机(UAV)评分的比较。图中标出了决定系数(R²)、相关系数(r)、均方根误差(RMSE)和Lin的一致性相关系数(CCC)。模型评分正确估计的区域(误差小于15%)以绿色显示,而过高估计和过低估计的区域分别以蓝色和红色显示。(a, b)分别为RGB图像和多光谱图像中的甜菜轻黄化病毒(BMYV);(c, d)分别为RGB图像和多光谱图像中的甜菜萎黄病毒(BChV)。

 

图8 2022年(第二次实验于不同地点)专家评分与无人机(UAV)评分的比较。图中标出了决定系数(R²)、相关系数(r)、均方根误差(RMSE)和Lin的一致性相关系数(CCC)。模型评分正确估计的区域(误差小于15%)以绿色显示,而过高估计和过低估计的区域分别以蓝色和红色显示。(a, b)分别为RGB图像和多光谱图像中的甜菜轻黄化病毒(BMYV)。

 

来 源

Okole N, Ispizua Yamati F R, Hossain R, et al. Aerial low‐altitude remote sensing and deep learning for in‐field disease incidence scoring of virus yellows in sugar beet[J]. Plant Pathology.

https://doi.org/10.1111/ppa.13973

 

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