我们是否关注了正确的参数?—植物功能结构模型全局敏感性分析的启示


发布时间:

2024-10-01

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通过识别参数与特定模型输出的相关性,对植物功能结构模型(FSP 模型)执行全局敏感性分析可以极大地促进模型开发和分析。将不重要的参数设定为固定值,可以减少通常较大的模型参数空间的维度,使研究者能够将精力集中于精确估计最重要的输入参数。在本研究中,我们应用了初等效应法,以适应具有任意输入类型的高维模型,并将其调整应用于具有内在随机性的模型。我们的FSP模型模拟了一个玉米群体160天的生长过程,关注了三个输出指标:产量、峰值生物量和峰值叶面积指数(LAI)。在52个输入参数中,有12个被认为对产量和峰值生物量具有重要性,14个对LAI具有重要性。超过70%的参数被认为对所考虑的输出不重要,其中包括大多数与作物结构相关的参数。控制遮荫回避反应和叶片出现速率(叶位时距)的参数也被认为不重要;这些生理和发育参数的变化确实会导致植物结构的明显变化,但不会对产量、生物量或LAI产生显著影响。一些被识别为不重要的输入参数尽管其敏感性指数较低,但其效应的标准差相对较高,表现为在较低均值周围的较大波动,这可能表明存在非线性或交互效应。因此,应对那些具有低敏感性指数但高标准差的参数进行进一步研究。我们的研究表明,全局敏感性分析能够揭示哪些参数值对关键输出具有最大影响,从而预测需要仔细表征的具体参数估计值。

 

图1 单位立方体中的径向设计示例,包含k个参数和r条轨迹。其中,x0为基点,x1和 x2为扰动点。

 

图2 RSD(相对标准偏差),以百分比表示,即方程(14)在每个2120个仿真点的输出的3个重复实验中的结果。

 

图3显示了每个输入参数的无量纲缩放步长(),这些步长源自所选的轨迹生成方法(见第2.2节)。步长小于阈值(红线)的效应被标记为离群值并从分析中移除。阈值的定义见第4.3节。标签颜色代表参数类别:黑色表示结构参数,红色表示发育参数,绿色表示环境参数,蓝色表示生理参数。有关输入参数的详细信息,请参见表1。

 

图4 显示了不同输出的敏感性指数(方程(8))。有关输入参数的详细信息,请参见表1。

 

图5显示了三个输出的敏感性指数(方程(8))和相对标准偏差(RSD,方程(14)),按产量的Si排序。标签颜色代表参数类别:黑色表示结构参数,红色表示发育参数,绿色表示环境参数,蓝色表示生理参数。

 

图6 显示了单因素(OAT)模拟的3个重要参数(红色)和3个不重要参数(灰色)。每个参数在其输入范围内均匀变化(见表1),而其他参数则设定为其输入范围的均值。

 

图7 显示了在模拟第99天结束时,由于叶片氮含量(参数27,识别为重要参数)的差异引起的玉米群体的结构差异。其他参数设置为其输入范围的均值(见表1)。(A) 叶片氮含量为输入范围的下限,(B) 叶片氮含量为输入范围的上限。

 

图8 显示了在模拟第99天结束时,由于叶位时距(参数50,识别为不重要参数)的差异引起的玉米群体结构差异。其他参数设置为其输入范围的均值(见表1)。(A) 叶位时距为输入范围的下限,(B) 叶位时距为输入范围的上限。尽管存在这些结构差异,图6和这里展示的模型输出表明,叶位时距对产量、峰值生物量或峰值LAI并不重要。

 

图9 显示了峰值叶面积指数(黑色;主纵轴)和峰值生物量(红色;副纵轴)在模拟天数的直方图。最右侧的箱子包含了在最后一天达到最大值的模拟,因此这些模拟中大多数可能在该天之后达到了其全局最大值。

 

图10 显示了峰值生物量作为产量的代理,标示出哪些敏感性指数一致,哪些不一致。绿色区域(对角线从左上到右下):指数一致;橙色区域(虚线):输入对一个输出重要但对另一个输出不重要;红色区域(对角线从左下到右上):输入对一个输出重要但对另一个输出不重要。标记:灰色:对两个输出都不重要的参数;红色:对两个输出都重要的参数;蓝色:对不同输出的分类不一致的参数。

 

来 源

Rutjens R J L, Rutjens J B, Band L R, et al. Are we focusing on the right parameters? Insights from Global Sensitivity Analysis of a Functional-StructuralPlant Model[J]. in silico Plants, 2024, 6(2).

https://doi.org/10.1093/insilicoplants/diae011

 

 

 

 
 
 

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