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基于植被指数和计算智能的玉米和大豆基因型高通量表型分析
发布时间:
2024-12-14
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建立能够对具有全球经济利益的作物(如大豆和玉米的粮食产量(grain yield,GY))的复杂农艺性状进行表型评估的模型,对于提高育种计划的效率至关重要。从这个意义上说,了解农艺变量与高通量表型分析(high-throughput Phenotyping,HTP)获得的变量之间的关系对实现这一目标至关重要。我们的假设是,从HTP得到的植被指数(vegetation indices,VIs)可以用来间接测量一年生作物的农艺变量。目的是研究玉米和大豆基因型的农艺变量与遥感获得的VIs之间的关系,并确定将VIs作为模型输入来预测这些作物的GY的计算智能。在2020/2021、2021/2022和2022/2023作物季对30个玉米基因型进行了比较试验,在2021/2022和2022/2023作物季对32个大豆基因型进行了比较试验。在所有试验中,在R1阶段使用配备多光谱传感器的无人机Sensefly eBee进行飞越,以获取绿色(550 nm),红色(660 nm),近红外(735 nm)和红外(790 nm)波长的冠层反射率,用于计算评估的VIs。评价玉米作物的农艺性状为:叶片含氮量、株高、首穗高和GY;评价大豆作物的农艺性状为:成熟期、株高、首穗高和GY。变量之间的关联通过相关网络表达,为了确定哪些指标与所评估的每个性状最相关,进行了通径分析。最后,采用玉米和大豆试验中各变量之间存在因果关系的VIs作为独立解释变量,采用多元回归模型(multiple regression model,MLR)和人工神经网络(artificial neural network,ANN)进行分析,从中选出10个能同时预测每种作物评价的所有农艺变量的最佳拓扑。研究结果表明,VIs可以用来预测玉米和大豆的农艺变量。土壤校正植被指数(Soil-adjusted Vegetation Index,SAVI)和绿色归一化差异植被指数(Green Normalized Dif-ference Vegetation Index,GNDVI)对玉米的所有农艺变量均有较高的正向影响,而归一化差异植被指数(Normalized Difference Vegetation Index,NDVI)和归一化差异红边指数(Normalized Difference Red Edge Index,NDRE)对大豆的所有变量均有较高的因果关系。ANN优于MLR,在使用通径分析选择的VIs作为输入预测农艺变量时提供更高的准确性。未来的研究应进一步评估植物的其他性状,如生理或营养性状,以及不同的光谱变量,以期深入了解植物性状与光谱变量之间的因果关系。这些研究可以在性状水平上提供更具体的HTP。
图1 利用Pearson相关网络对30个玉米基因型的叶片氮素(NL)、穗高(EIH)、株高(PH)、籽粒产量(YG)和植被指数(NDVI、SAVI、GNDVI、NDRE、SCCCI、EVI和MSAVI)进行了评价。
图2 通过通径分析,评价了30个玉米基因型3个作物季植被指数(NDVI、SAVI、GNDVI、NDRE、SCCCI、EVI和MSAVI)对叶片氮素(NL)、穗高(EIH)、总高(PH)和籽粒产量(GY)的直接影响。
图3 利用Pearson相关网络评价了32个大豆基因型2个作物季的日数成熟度(DM)、首荚高(PIH)、株高(PH)、籽粒产量(YG)和植被指数(NDVI、SAVI、GNDVI、NDRE、SCCCI、EVI和MSAVI)之间的关系。
图4 通过通径分析,评价了32个大豆基因型2个作物季植被指数(NDVI、SAVI、GNDVI、NDRE、SCCCI、EVI和MSAVI)对日数成熟(DM)、首荚高(PIH)、株高(PH)和籽粒产量(YG)的直接影响。
图5 以NDVI和NDRE植被指数为输入,选取10个最佳人工神经网络的观测值与预测值之间的Pearson相关性和多元线性回归(MLR)对大豆日数成熟度(DM)、首荚高(PIH)、株高(PH)和籽粒产量(GY)进行预测。
图6 以NDVI和NDRE植被指数为输入,对10个最佳人工神经网络的观测值与预测值的均方根误差(%)和多元线性回归(MLR)对大豆日数成熟(DM)、首荚高(PIH)、株高(PH)和籽粒产量(GY)进行预测。
Teodoro, P.E., Teodoro, L.P.R., Baio, F.H.R. et al. High-throughput phenotyping in maize and soybean genotypes using vegetation indices and computational intelligence. Plant Methods 20, 164 (2024).
编辑
王春颖
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