利用3D成像技术鉴定解释高粱对播种密度积极响应的表型标记


发布时间:

2025-03-09

来源:

作者:

高粱基因型对高播种密度的响应各不相同,但解释这些差异的性状尚不清楚。在本研究中,基于三维成像的方法鉴定了导致高粱对高播种密度响应遗传变异的表型性状。培养了20种高粱基因型,其中一些基因型对密度的反应不同,并在第4-6周之间每周收集3d图像。从这些图像中提取了80个表型性状,其中包括33个结构性状和47个多光谱性状。利用这80个性状的基因型内均值,以及前人在13个常见基因型中测得的2个播密响应指标(生物量比(Biomass ratio,Br)和蒸腾比(Transpiration ratio,Tr))进行Spearman相关分析。17个性状和4个性状分别与Br和Tr呈极显著相关。这些性状中的大多数(主要是结构性状)强烈表明,在高播种密度下,更充分的截光,在低层冠层中有更多的叶面积,导致更大的Br,而更垂直排列的叶片有利于更大的Tr值,这与更高的水分利用效率有关。此外,主成分分析(Principal Component Analysis,PCA)表明,对光合作用有贡献的性状可以用来估计Br。与叶角相关的性状组合也是Tr值遗传变异的良好指标。这些结果提供了一些高粱基因型在高播种密度下茁壮成长的策略的见解,并可作为培育抗密度品种的生物标志物。

 

 图1  左图:地块和小区;右图:小区内种植情况。

 

 图2  数据预处理的方案。以试验3中每个基因型的叶面积[mm2]分布箱线图为例,并进一步评估检测到的潜在异常值,例如圈出的异常值,以确定是否应从数据分析中删除。

  
图3 左图:扫描时生长阶段分布;右图:试验3测得的每株植株上4个节点的节高分布。
 
 图4  每对个体性状的Spearman相关系数r与Br(左)和Tr(右)的热图。每一列的颜色表示每个个体性状与Br或Tr之间r的绝对值。
 
 图5  相关性状的Spearman系数r及其95%置信区间(CIs)与检验3中的Br(左)和Tr(右)。
 
 图6  Br为相关表型性状Voxel_ratio_4 (a)、Voxel_ratio_2 (b)、hull_coverage (c)、voxel_kurtosis (d)和lightess_adj (e)的函数,给出了每对的spearman相关系数r及其p值
 
 图7  Tr是相关表型性状的函数:平均表面角(a)、叶片倾角(b)、色相堆积(c)和psri (-inf, -1) (d)。
 
 图8  Br相关性状(左)和r相关性状(右)的PCA双图。双标图上的每个点代表一种基因型,其颜色分别代表相应的Br或Tr值。箭头显示了每个选择的性状与PC1和PC2在双标图中的对齐。
 
 图9  hull_coverage , voxel_kurtosis, lightness_adj, average_surface_angel 和leaf_inclination的基因型变异演示(从左至右)。不共享一个组字母的基因型是显著不同的。
 

来源

Wenli Xue , Ewaut Kissel , Andras T ´ oth , Raphael Pilloni , ´Vincent Vadez , Identifying phenotypic markers explaining positive sorghum response to sowing density using 3D-imaging, Smart Agricultural Technology (2024), 100756.

 

编辑

王春颖

推荐新闻

石时之约|韩志国:透过表型数据,看见植物的喜怒哀乐!

本期石时之约,我们将对话慧诺瑞德(北京)科技有限公司总经理、国际植物表型学会(IPPN)执委会委员/工业分会副主席韩志国,一起从表型数据的科学角度,去读懂农作物的喜怒哀乐和前世今生。

慧科研、慧育种、慧种田——慧聚改变的力量

让我们“慧聚”在一起,为“慧科研、慧育种、慧种田”赋能。

高通量植物表型平台建设注意事项

育种,是在给定的环境条件下,选择各种表型指标(产量、品质、抗性)最优的基因型材料的过程(AI育种,从这里起步)。育种工作中大约70%的工作量来自表型观察测量和筛选,是最耗人力物力的过程。

作物生理表型测量基础原理

生理表型测量的核心在于“早、快”,要在肉眼可见之前就能测量并预判出变化趋势,才是这个技术的核心价值。叶绿素荧光成像,恰好满足了这个要求。