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基于混合CNN-Transformer模型的小麦品种及生长阶段识别方法研究
发布时间:
2025-03-18
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小麦是全球范围内广泛种植和消费的重要作物,各种小麦品种通过育种以适应不同种植区域的气候条件及其所需的生长特性和抗性。然而,随着全球气候变化的加速,快速的环境变化导致品种间出现交互效应,即原先优势品种的性状发生改变,从而使品种选择变得日益困难。尤其是在品种选择过程中,对生长速率这一交互效应关键特性的快速评估方法研究相对匮乏。本研究提出了一种基于深度学习的模型与方法,利用在高通量表型平台上获取的六种小麦品种的高光谱数据,实现了小麦品种及生长阶段的识别。所提出的模型结合了CNN与Transformer架构,在品种识别中达到94.05%的准确率,优于相关研究的性能,并在生长阶段识别中达到了99.24%的准确率。该模型能够有效实现对小麦品种及生长信息的高通量监测。此外,如果将该模型应用于小麦育种过程,有望加速适应特定气候条件的优势品种的快速选育。
图1 用于小麦栽培与自动化测量的高通量表型数据采集系统。
图2 (a) 六种不同小麦品种的图像:(a-1) Tabdong,(a-2) Jinpum,(a-3) Dajung,(a-4) Joa,(a-5) Baeggang,(a-6) Saegeumgang;(b) 不同生长阶段的小麦图像:(b-1) 分蘖期,(b-2) 拔节期,(b-3) 抽穗期。
图3 高光谱成像系统示意图。
图4 小麦高光谱成像(HSI)数据采集及数据集准备流程,用于小麦品种和生长阶段检测模型的开发。
图5 1D-CNN 和 1D-CNN-nTF 模型的结构图,展示:(a) 1D-CNN 模型的结构,(b) 带有 n 个 Transformer 块的 1D-CNN 模型(1D-CNN-nTF),(c) 1D-CNN 中的嵌入过程,(d) 包含多头自注意力机制的单个 Transformer 块的结构。
图6各小麦品种在不同预处理步骤后的光谱:(a) 异常值去除后,(b) SG平滑后,(c) SNV处理后。包含的品种为:(1) Dajung,(2) Joa,(3) Tabdong,(4) Jinpum,(5) Saegeumgang,(6) Baeggang。
图7 各小麦生长阶段在不同预处理步骤后的光谱:(a) 异常值去除后,(b) SG平滑后,(c) SNV处理后。包含的生长阶段为:(1) 分蘖期,(2) 拔节期,(3) 抽穗期。
图8 不同品种分类模型的训练准确率和损失曲线:(a-1, a-2) 1D-CNN,(b-1, b-2) 1D-CNN-1TF,(c-1, c-2) 1D-CNN-2TF,以及 (d-1, d-2) 1D-CNN-3TF,分别展示了训练集和验证集的结果。
图9 生长阶段分类模型的训练准确率和损失曲线:(a-1, a-2) 1D-CNN,(b-1, b-2) 1D-CNN-1TF,(c-1, c-2) 1D-CNN-2TF,以及 (d-1, d-2) 1D-CNN-3TF,分别展示了训练集和验证集的结果。
图10 雷达图比较 1D-CNN 和混合 1D-CNN-TF 模型在 (a) 小麦品种分类和 (b) 生长阶段分类中的表现,评估指标包括:总体准确率 (OA)、Kappa 系数、精确度、召回率和 F1 分数。
图11 小麦品种分类模型的混淆矩阵:(a) 1D-CNN,(b) 1D-CNN-1TF,(c) 1D-CNN-2TF,展示了六种小麦品种之间的分类准确率和误分类模式。
图12 生长阶段分类模型的混淆矩阵:(a) 1D-CNN,(b) 1D-CNN-1TF,(c) 1D-CNN-2TF,展示了小麦在分蘖期、拔节期和抽穗期的分类准确率。
图13 小麦品种分类模型的数据点和特征分布的 3D t-SNE 可视化:(a) 预处理后的数据,(b) 1D-CNN 学习的特征,(c) 1D-CNN-1TF 学习的特征,(d) 1D-CNN-2TF 学习的特征,展示了六种小麦品种的分离情况。
图14 生长阶段分类模型的数据点和特征分布的 3D t-SNE 可视化:(a) 预处理后的数据,(b) 1D-CNN 学习的特征,(c) 1D-CNN-1TF 学习的特征,(d) 1D-CNN-2TF 学习的特征,展示了小麦六个生长阶段的分离情况。
Jeon Y J, Hong M J, Ko C S, et al. A hybrid CNN-Transformer model for identification of wheat varieties and growth stages using high-throughput phenotyping[J]. Computers and Electronics in Agriculture, 2025, 230: 109882.
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王永贤
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