表型组学驱动的结缕草抗旱性研究


发布时间:

2025-09-03

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在过去的十年中,基于小型无人驾驶飞机系统(Small unmanned aircraft systems,sUAS)的高通量表型分析在植物育种中的应用取得了显着进展。高光谱图像和机器学习方法为草坪草抗旱性筛选提供了潜力,但大规模的田间应用仍然有限,从受控环境到真实世界表型的转变还没有得到很好的理解。本研究旨在开发一种基于sUAS的高光谱图像工作流程,以监测干旱期间草坪草的冠层反射率变化,在大规模田间研究中验证以前报告的受控环境研究指数,并从高光谱图像中估计视觉草坪草质量(turfgrass quality,TQ)。不同土壤湿度条件下,收集三个日期的结缕草种群的高光谱图像。计算并比较了与光能利用效率、叶片色素、衰老、水分状况和绿色植被相关的植被指数(Vegetation indices,VIs)。干旱胁迫下表现最好的基因型比表现较差的基因型表现出更高的蓝光、红光吸收和更高的近红外反射率。光化学反射指数和植物衰老反射指数与TQ高度相关(r = 0.84和0.76),表现出较高的变异系数(范围18%-37%),广义遗传力(0.73–0.74)高于归一化植被指数(0.69),保障了其在大规模田间研究中应用。机器学习模型估计TQ的平均绝对误差为0.46。这些发现强调了整合与光能利用效率、叶片色素、衰老和水分状况相关的VIs的重要性,以更深入地了解草坪草的干旱响应并支持抗逆性育种。

 

图1  在Tifton,GA的结缕草种群中的实地研究的航空图像。定义个体地块边界的多边形覆盖在航空图像上,地块大小为0.6 × 0.6 m。

 

图2  来自Tifton,GA研究地点的天气数据,包括(a)平均气温和蒸汽压差,(b)2023年5月1日至9月28日降水量、蒸散量和土壤水分的差值(图中红色阴影部分),以评估结缕草群体的干旱响应。(b)中的粉红色箭头表示三个采样日期(2023年6月7日、8月3日和8月21日)进行高光谱图像采集。

 

 图3  基于sUAS的高光谱成像工作流程,包括数据收集、预处理和绘图级提取。AGL,地面水平;GSD,地面采样距离;NDVI,归一化差异植被指数;RTK GNSS,实时动态全球导航卫星系统。

 

图4  2023年8月3日和8月21日,在Tifton,GA的结缕草群体中,235个结缕草的视觉草坪草质量(TQ)。表现最好的组和表现较差的组,每个组包含10个基因型,分别以绿色和棕色突出显示(a),具有标准误差。代表表现最好、较差和中等的组的三个基因型突出显示(B)在绿色中,在8月21日,前10个抗旱基因型被选为视觉TQ最高的统计组,并且在前18天内视觉TQ下降最小(8月3日至8月21日)。表现较差的10种基因型在8月21日被确定为视觉TQ最低统计组,在同一时期,视觉TQ的下降幅度最大。

 

 图5  光谱反射率(a)(实线)及其变异系数(CV,%,黑色虚线),通过基于sUAS的高光谱相机在三个采样日期收集的235个结缕草基因型中的结缕草群体:2023年6月7日(D1)、8月3日(D2)和8月21日(D3)。表现最好和表现最差的组,每组包含10个基因型,用绿色和棕色线突出显示,8月21日,前10个抗旱基因型被选为草坪草视觉质量(TQ)最高的统计组,在前18天内视觉TQ下降最小(8月3日至8月21日)。表现较差的10种基因型在8月21日被确定为视觉TQ最低统计组,在同一时期,视觉TQ的降低最大。配对t检验p值的热图(b),比较表现最佳组和表现较差组的反射率,其中较浅的阴影表示更显著的差异。

 

图6  直方图和密度图显示了在三个采样日期,结缕草种群中植被指数(VIs)的分布:(2023年6月7日;绿色),D2(2023年8月3日;紫色)和D3(2023年8月21日;棕色)。垂直虚线表示三种代表性基因型的值:19-TZ-14434(紫色)、19-TZ-14537(蓝色)和19-TZ-14539(绿色),沿着两个亲本Meyer(灰色)和PI 231146(黑色),在D3。MRENDVI,修正的红边归一化差异植被指数;NDRE,归一化差异红边指数;NDVI,归一化差异植被指数;PRI,光化学反射指数;PSRI,植物衰老反射指数;RENDVI,红边归一化差异植被指数;SIPI,结构不敏感色素指数;WBI,水带指数;WINDVI,WBI与NDVI的比值。

 

图7  通过基于sUAS的高光谱相机在由235种基因型组成的结缕草种群中收集的选定指数,采样日期为:2023年6月7日(D1)、8月3日(D2)和8月21日(D3)。来自表现最好的组的基因型19-TZ-14539,来自表现较差的组的基因型19-TZ-14537,来自中间组的19-TZ-14434分别以绿色、棕色和紫色线突出显示,并带有标准误差。红色 * 表示在给定日期三种基因型之间存在统计学差异。父母Meyer和PI 231146分别以黑色实线和虚线突出显示。

 

 图8  从sUAS的高光谱图像估计可见草坪质量(TQ)的弹性网络回归模型的性能和模型系数。散点图比较预测与观察到的视觉TQ使用模型建立在全光谱反射率(a)和选定的植被指数(B),与各自的均方根误差(RMSE),R2,面板(c)和(d)显示了模型系数,突出了弹性网络模型中最具影响力的光谱波长(c)和植被指数(d)。

 
来 源

Zhang, J., Maleski, J., Khanal, S., Webb, A., Schwartz, B., Conner, J., Gouveia, B. T., Milla-Lewis, S., Patton, A. J., & Huang, B. (2025) Phenomics-driven insights into zoysiagrass drought resistance using small unmanned aircraft systems (sUAS)-based hyperspectral images. The Plant Phenome Journal, 8, e70027. 

 

编辑

王春颖

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