DataPLANT——为基础植物研究人员构建数据丛林的工具和服务


发布时间:

2022-07-09

来源:

本站

作者:

PhenoTrait

  DataPLANT联盟专注于持续开发和改进基于植物研究特定(元)数据的共享、充实和交叉链接的合作研究机制和服务。为此,DataPLANT工具和服务链旨在促进总体合作和研究背景管理,最终导致通过出版对研究数据进行更加开放和合作的处理。DataPLANT遵循一种渐进和迭代的方法,确保所有利益相关者的承诺和期望的一致性。这特别强调了交流和DataPLANT之间的互动。

 

  作为一个简单的结构支架,引入了注释研究背景,它本质上遵循FAIR要求。作为一个起点,ArcCommander简化了ARC文件夹和文件结构的生成。按照ISA模式,这包括一个自动更新的调查文件形式的中央登记处。对于研究人员来说,元数据的注释似乎是RDM周期中最繁琐的任务。在这个过程中, SWATE提供了一套本体和元数据模板,由数据管理人预选和策划,便于元数据的简单重复使用。在后端,这是由Swopub实现的,它根据对模板和NFDI4plants中介本体的调整,不断将SWATE与SwateDB同步。作为用户反馈的结果,已经有可能创建一套初始模板,将用户需求与相应的终端存储库的要求相融合。目前,这已被扩展到涵盖基于计算机的集中式工作流程,并整合已有的服务,如Galaxy或nf-core。根据DataPLANT主流的以数据为中心的观点,所列工具的作用是在当前技术水平的基础上提高用户的友好性。我们鼓励开源社区的每个人都能主动调整现有的或自己的工具以适应不断变化的需求,或者直接向我们咨询。由于DataPLANT的模块化结构和以ARC为中心的整合方法,我们的服务也会不断改进。DataPLANT设想了一个云版本的工具链,并在未来集中整合到DataPLANT中心。除了提供一个公共网站,提供关于项目的信息,分享新闻,并提供项目的社交媒体渠道和Git存储库的链接,DataPLANT中心将创造一个中央环境。一个关键组成部分将是使用注释元数据的研究数据综合搜索和探索引擎。因此,DataPLANT中心将是实现研究数据FAIR的一个关键组成部分。这样,一束有序的面向用户的工具花就可以从杂草丛生的丛林中绽放出来。

 

  图1DataPLANT元数据工具链。 ArcCommander帮助创建ARC中的特定文件夹和文件结构。在这种情况下,SWATE(Swate Workflow Annotation Tool for Excel)支持基于Swate DB(数据库)的元数据注释过程,它集成了所需的外部本体。通过提供适应公共资源库的元数据模板,简化了相关元数据的选择。为了使用户能够使用非集成术语,Swobup(Swate OBO Updater)在NFDI4plants本体之间架起了桥梁,在纳入现有本体之前暂时储存这些术语。

 

  来源:Mühlhaus, T., Brillhaus, D., Tschöpe, M., Maus, O., Grüning, B., Garth, C., & Rodrigues, C. M. DataPLANT–Tools and Services to structure the Data Jungle for fundamental plant researchers.

  

  编辑:婷婷

推荐新闻

石时之约|韩志国:透过表型数据,看见植物的喜怒哀乐!

本期石时之约,我们将对话慧诺瑞德(北京)科技有限公司总经理、国际植物表型学会(IPPN)执委会委员/工业分会副主席韩志国,一起从表型数据的科学角度,去读懂农作物的喜怒哀乐和前世今生。

慧科研、慧育种、慧种田——慧聚改变的力量

让我们“慧聚”在一起,为“慧科研、慧育种、慧种田”赋能。

高通量植物表型平台建设注意事项

育种,是在给定的环境条件下,选择各种表型指标(产量、品质、抗性)最优的基因型材料的过程(AI育种,从这里起步)。育种工作中大约70%的工作量来自表型观察测量和筛选,是最耗人力物力的过程。

作物生理表型测量基础原理

生理表型测量的核心在于“早、快”,要在肉眼可见之前就能测量并预判出变化趋势,才是这个技术的核心价值。叶绿素荧光成像,恰好满足了这个要求。