学术中心
在高密度生长环境中使用多相机阵列对植物进行成像是一种经济实惠的高通量表型分析策略。在多相机成像系统中，成百上千的植物同时成像消除了植物到相机或相机到植物系统中所看到的植物间的测量时间延迟，从而可以在高时间分辨率下分析植物的生长、发育和环境反应。另一方面，高植物密度、相机与相机之间的差异以及其他权衡因素增加了数据分析的复杂性。在此，我们介绍了最近对PlantCV图像分析包的两项更新，以提高处理多植物数据集时的可用性。首先，我们介绍了一种自动检测网格布局中组织的植物的方法，减少了在多相机系统中为每个相机制定单独工作流程的需要。其次，我们减少了处理植物形状和位置的函数的输入和输出参数的数量，并引入了对多个感兴趣的对象（如植物）的自动迭代，减少了建立工作流程所需的编程水平。
图1 plantcv.roi.multi的输入图像和参数。蓝色圆圈是感兴趣的区域（ROI）。（A） 标记坐标参数的位置，（B）和（C）分别是间距参数在水平和垂直方向上的长度，（D）标记半径。
图2 带有（A）缺失植物和（B）不属于植物的物体的二进制掩码。
图3 来自roi.auto网格上的输出图像。图像来自两个不同的托盘：（A）和（B）来自一个托盘，（C）和（D）来自另一个托盘。来自同一托盘的图像是在不同的时间点拍摄的。
来 源
Schuhl H, Peery J D, Gutierrez J, et al. Simplifying PlantCV workflows with multiple objects[J]. Authorea Preprints, 2022.
DOI: 10.22541/au.166758437.76129704/v1
编 辑
小王博士在努力
扩展阅读
扫二维码用手机看
推荐新闻
发布时间 : 2022-11-13 07:26:55
发布时间 : 2022-05-20 11:45:57
发布时间 : 2022-05-13 10:56:43
视频展示
专题报道
联系我们
慧诺瑞德（北京）科技有限公司
地址：北京市海淀区西三旗街道建材城中路12号院8号楼2门
电话：010-62925490、82928854、82928864、82928874、18600875228
传真：010-62925490-802
Email: info@phenotrait.com
邮编：100096
在线留言
关注我们
植物表型圈
植物表型资讯
慧诺瑞德（北京）科技有限公司版权所有 京ICP备15043840号 网站建设：中企动力 北二分 法律声明