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利用无人机表型进行病害植物的叶片分割
发布时间:
2023-04-16
来源:
植物表型资讯
作者:
PhenoTrait
在作物生产中,植物疾病会导致显著的产量损失。因此,检测和评分病情的发生非常重要。植物病害的量化需要将叶子鉴定为单个评分单元。患病的叶子是非常动态和复杂的生物对象,在与植物病原体相互作用后,其形态和颜色不断变化。为了解决在农田中识别和分割单个叶子的任务,本研究使用无人机(UAV)、甜菜田的多光谱影像和深度实例分割网络(Mask R-CNN)。基于标准和复制粘贴图像增强技术,我们测试并比较了五种策略,以在保持标记图像数量合理的情况下实现网络的鲁棒性。此外,我们量化了环境条件对网络性能的影响。性能指标显示,记录在阳光明媚的条件下的多光谱无人机图像与在阴天、漫反射照明条件下的图像相比,平均精度(AP)下降了高达7%。在严重病害损害和阳光天气条件下的图像中,叶片检测的最低性能被发现。随后,我们在一个试验中使用 Mask R-CNN 模型,在图像处理流水线中计算基于叶子的参数,如叶面积、叶坡度、病害发生率、病害严重程度、簇的数量和平均簇面积。为了描述流行病学的发展,我们将这个流水线应用于时间序列中,该序列包含五个品种和两种杀菌剂策略。具有最高 AP 结果的模型病害严重程度与专家评估的相同参数具有最高的相关性。病害严重程度和病害发生率的时间序列发展显示了多光谱 UAV 影像对于对比品种抗性的优势以及疾病控制措施的限制。通过这项工作,我们强调了使用 UAV 影像进行自动叶片分割的关键组成部分,例如照明和疾病状态。此外,我们提供了一个工具,通过自动疾病量化成像工具提供叶片基础参数来优化作物生产。
图1 a) 现场试验,包括飞行任务、RGB合成正马赛克和图像斑块的标示; b) 按照五种策略进行数据扩充:(I)完全复制粘贴技术,(II-IV)复制粘贴和简单技术的组合,(IV)纯粹的简单技术。
图2 使用滑动窗口进行 Mask R-CNN 预测大正射影像,考虑窗口之间的15厘米重叠。
图3 通过应用叶片分割预测疾病量化参数。a) 患病植物的RGB合成,b)叶的分割,以及c)叶实例的多类像素分类和参数提取,作为健康区域(HL)、患病区域(DL)和叶内簇的数量(c)。
图4 实验测试场地两个监测日期(2021年8月17日和31日),无人机(UAV)和专家评分的置信度分数(CS)为0.50和0.75的关系。比较数据增强a)策略I和b)策略V中模型的所有地面真实值。比较地面真实值低于40%的c)策略I和d)策略V。
图5 在杀真菌剂策略和五个甜菜品种中,基于叶片的病害量化参数的发展:病害严重程度(a和b),叶面积(c和d),以及每片叶子的簇数(e和f)。
图6 基于疾病发生率(DI)的决策。a) 通过阈值化c或dsl参数来定义患病单位的标准。b) 基于c和dsl参数的不同阈值幅度开发DI曲线。c) 开发基于无人机和基于专家的参数。
Barreto Alcantara A A, Reifenrath L, Vogg R, et al. Using UAV-Imagery for Leaf Segmentation in Diseased Plants via Mask-Based Data Augmentation and Extension of Leaf-based Phenotyping Parameters[J]. bioRxiv, 2022: 2022.12. 19.520984.
doi: https://doi.org/10.1101/2022.12.19.520984
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