利用比色循环介导等温扩增检测法检测豇豆花叶病毒


发布时间:

2023-05-04

来源:

植物表型资讯

作者:

PhenoTrait

豇豆花叶病毒(BCMV)是普通豆类中最常见的病毒性疾病之一,自其首次被鉴定以来一直受到密切关注。本文采用一步比色反转录循环介导的等温扩增(RT-LAMP)方法,设计寡核苷酸引物来扩增BCMV的衣壳蛋白编码基因。使用NEB的WarmStart 2× Master Mix,在阳性LAMP反应时,颜色从粉红色变为淡黄色。该方法的灵敏度与传统PCR相当,经过对普通豆及其他病毒——豇豆花坏死病毒(BCMNV)的测试表明,该方法能够专门检测BCMV,不会产生其他RNA的假阳性。RT-LAMP测试可靠地诊断感染样本中的BCMV,并且准确、敏感。成本分析显示,开发一种更便宜、更高效的RT-LAMP检测方法用于BCMV检测是扩大检测能力和提高资源有限环境下准确检测的重要一步。该测试可以在实验室和野外用于BCMV的诊断和监测,是报道中首次使用RT-LAMP检测BCMV。

 

图1 BCMV的RT-LAMP反应时间的优化。M:在55分钟的反应时间内观察到100bp的DNA梯状、尖锐的颜色变化(a)和梯状条带(b)。BCMV的CP区上LAMP引物结合位点的详细示意图(c)。

 

 图2 BCMV RT-LAMP的特异性和敏感性实验。M:100bp的DNA梯。(a)RT-LAMP和RT-PCR(c)与10倍系列稀释液的比较范围为10至10−6 ng/μL(第1-7行)。(b)RT-LAMP的特异性测试,(品系1-2;BCMV的RNA,3-4;BCMNV的RNA;5-6;菜豆的RNA;7;非模板,用无菌蒸馏水,K:BCMV的RNA,(扩增通过梯形条带模式证实)。

 

 图3 用于BCMV的RT-LAMP的现场测定。(a) 阳性样本的黄色变化。(b) 梯状带显示放大。(c) 扩增407bp的RT-PCR结果。(M:100bp DNA梯形,-;非模板,K;BCMV的RNA)。

 

 

来 源

Çeli̇k A, Morca A F, Emi̇rali̇oğlu O, et al. The use of colorimetric loop-mediated isothermal amplification assay for naked-eye detection of bean common mosaic virus[J]. Physiological and Molecular Plant Pathology, 2023: 102017.

 

https://doi.org/10.1016/j.pmpp.2023.102017

 

编辑

小王博士在努力

 

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