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基于光相互作用的叶表面表型提取
发布时间:
2023-05-14
来源:
植物表型资讯
作者:
PhenoTrait
本文探讨了叶表型对光反射和透射的影响,以及如何利用偏振光反射测量来识别叶表型。叶表型包括细胞粗糙度、表皮蜡和毛状体等特征,它们可以反映植物的健康状况和对环境压力的适应性。试验收集了349个叶样,用显微镜观察了它们的表面特征,并用偏振光谱仪测量了它们在布鲁斯特角的反射因子。根据反射因子的极大值和极小值,计算了偏振反射因子和漫反射比率,作为叶表型分类的依据。将叶样分为四类:有光泽的蜡、灰白色的蜡、高密度的毛状体和无毛无蜡。使用二次判别分析函数,对叶样进行了10000次随机分类,得到了平均72.9%的正确分类率。试验材料与方法,从室内外植物中采集不同颜色、年龄和表型的叶片,用冰块和塑料袋保存,并在4小时内进行显微镜观察和光谱测量。使用偏振金相显微镜,对每个叶样进行100倍和500倍放大的观察,采用焦点叠加技术获取完整清晰的图像,并重建三维表面粗糙度。使用偏振光谱仪,在布鲁斯特角(约55°)下照射和接收光线,测量不同角度下400-1700 nm范围的反射因子,并校正为总光线。表型分类:根据显微镜图像和可见观察,将叶样分为四类:有光泽的蜡、灰白色的蜡、高密度的毛状体和无毛无蜡。根据反射因子的极大值和极小值,计算偏振反射因子和漫反射比率,作为分类依据。使用二次判别分析函数,对数据进行10000次随机分割,每次用150个样本作为训练集,199个样本作为测试集,得到平均分类率。结果表明,细胞粗糙度对偏振反射因子的影响较小,而表皮蜡和毛状体对偏振反射因子的影响较大。不同类型的表皮蜡和毛状体可以导致不同程度和方向的光线散射,从而改变偏振反射因子和漫反射比率。本文提出的利用偏振光谱仪测量叶表型的方法,可以在不损伤叶片的情况下,快速准确地识别叶表型。这种方法可以提高叶光学模型的精度和特异性,从而改善叶片生化参数的估算和植物物种的识别。
图1 用于在数据收集阶段确保对叶片的同一部分进行评估的叶片支架
图2 黑豆叶的3D重建,显示了用于计算细胞凸包长宽比的可能点。X轴和Y轴值为像素(1像素 = 0.098µm),Z轴值以毫米为单位
图3 a弗吉尼亚爬山虎b黑豆c秋葵d海棠e柠檬f大豆在不同方向的反射系数
图4 a弗吉尼亚爬山虎b黑豆c秋葵d海棠e柠檬f大豆在500倍放大下的不同细胞形态
图5 叶片表面参数与a细胞大小,b边缘起伏,c细胞凸起长宽比的RQav值的比较。完整数据集显示为黑色x,无毛叶片显示为灰色点(RQav表示偏振双向反射因子,是一种用于描述叶表面特征的光谱参数,与叶表面的粗糙度、蜡质和毛发有关。)
图6 10000次运行中某次基于RQav和DIFFR(DIFFR表示漫反射比,用于描述叶表面特征的光谱参数,通过测量漫反射因子在两个不同波长之间的比值来计算)的叶面表型的分类空间(在本例中分类率为74.9%)
图7 a有光泽、b有白霜、c有毛和d无毛叶片的分类分布结果
Peters R D, Noble S D. Characterization of leaf surface phenotypes based on light interaction[J]. Plant Methods, 2023, 19(1): 1-15.
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刘昕哲
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