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基于卷积神经网络和冠层数字图像的世界水稻(Oryza sativa L.)生物量估算
发布时间:
2023-05-30
来源:
植物表型资讯
作者:
PhenoTrait
地上生物量(Above-ground biomass, AGB)是衡量作物生产力的重要指标。AGB的破坏性测量成本巨大,且大多数非破坏性估算不能适用于具有不同冠层结构的品种。对AGB数据的获取不足可能限制了作物生产力的提高。最近,一种称为卷积神经网络(convolutional neural network, CNN)的深度学习技术由于其高数字图像识别能力而被应用于估计作物AGB。然而,基于CNN的AGB估计对不同品种的通用性仍不清楚。利用世界水稻核心馆藏的59个不同品种的数字图像,建立了基于CNN的水稻AGB估计方法,并对其进行了评价。在两年的时间里,我们在两个地点用商用数码相机拍摄了59个品种的12183张图像(图1和2),并人工获得了相应的AGB。使用28个品种建立CNN模型,对测试数据集具有较高的准确率(R2 = 0.95)(图4)。我们进一步利用31个未建立模型的品种来评估CNN模型的性能。当观测到的AGB小于924 g m-2时,CNN模型成功估计了AGB (R2 = 0.87)(图5),而当观测到的AGB大于924 g m-2时,CNN模型低估了AGB (R2 = 0.02)。这种低估可以通过在进一步的研究中添加AGB更大的训练数据来改善。目前的研究表明基于CNN的估计方法通用性强,可作为监测不同品种作物AGB的实用工具。

图1 数据集构成

图2 收集数据汇总。

图3 AGB估计的CNN模型训练和测试结果

图4 预测AGB与实际AGB的相关性

图5 预测数据集的估计结果。(a) 在每个收获地块观测到的AGB与预测数据集的估计AGB之间的相关性。虚线表示 1:1 线,实线表示拟合的分段回归线;(b) 描述预测数据集中每个品种计算的rRMSE分布的条形图;(c) 预测数据集中31个品种株高的时程变化;(d) 预测数据集中31个品种的SPAD值的时程变化。
Kota Nakajima, Yu Tanaka, Keisuke Katsura, Tomoaki Yamaguchi, Tomoya Watanabe & Tatsuhiko Shiraiwa (2023): Biomass estimation of World Rice (Oryza sativa L.) Core Collection based on the convolutional neural network and digital images of canopy, Plant Production Science, DOI: 10.1080/1343943X.2023.2210767
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