使用 MIAPPE 和 DataPLANT 改进植物表型实验中的元数据收集和聚合


发布时间:

2023-06-21

来源:

植物表型资讯

作者:

PhenoTrait

MIAPPE向导是一个直观的图形用户界面,可以帮助植物表型实验者轻松创建符合MIAPPE标准的LSA元数据。MIAPPE是植物物候学领域制定的一套最小核对表和数据模型,用于公平描述实验。MIAPPE向导基于类似于SA的框架,通过一步一步的过程,提供智能内容建议和适当的格式,让数据生产者无需熟悉ISA/MIAPPE标准就能生成一个可持续的元数据包。这个软件的第一个原型已经在hackathon期间部署。

 

DataPLANT是一个旨在促进公平研究数据管理的项目,以应对再现危机。DataPLANT团队开发了AnnotatedResearchContext(ARC),这是一种基于LSA、CWL和RO-Crate等现有标准的公平研究对象。DataPLANT还提供了支持ARCs建立和使用的工具和文件,并通过REST API与生物研究社区集成。此外,DataPLANT还致力于提供高质量和易查找的培训材料,帮助研究人员无缝地注释和存储实验数据。

 

ARC是一种描述整个研究周期的框架,从种植植物到获取、处理和发布数据。它基于ISA、CWL、git和RO-Crate等现有标准,并利用它们人类和机器可读结构来注释实验工作流程。ARC还支持各种实验工作流程,包括植物表型分析,并使用git和CWL进行版本控制和执行。为了帮助研究人员创建符合MIAPPE标准的ARC,并促进数据发现和重用,我们提供了清单来指导他们以结构化方式捕获和组织所有必要的元数据。

 

图1 MIAPPE向导主要布局的屏幕截图

 

图 2 用于交互式查找本体术语并将其添加到用户的lSA的GUl组件

 

图 3 DataPLANT 知识库登录页面的屏幕截图,其中包含侧边栏和贡献指南链接以及以工具为中心的集中重组

 
 
来 源

Arend D, Beier S, Brilhaus D, et al. Improving Metadata Collection and Aggregation in Plant Phenotyping Experiments with MIAPPE Wizard and DataPLANT[J]. 2023.

 

编辑

刘昕哲
 
 

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