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用于结缕草三维模型重建的数字表型系统开发
发布时间:
2023-07-07
来源:
植物表型圈
作者:
PhenoTrait
数字表型学,特别是植物三维模型的应用,是一种很有前途的高通量植物评价方法。尽管近年来已经有许多相关研究发表,但还需要进一步研究以将其应用于育种研究和其他相关领域。在本研究中,我们利用自行开发的三维模型表型系统,对包括三个品种和它们的杂交品种在内的20个结缕草(Zoysia spp.)种质进行了为期1年的重建和分析。采用具有三个隐藏层的人工神经网络有效去除非植物部分,同时保留使用裁剪方法错误删除的植物部分,为三维模型的后处理提供了一种强大而灵活的方法。该系统还展示了使用基于红绿蓝(RGB)的植被指数准确评估高度、面积和颜色等多个性状的能力。结果显示,从体素三维模型得到的估计体积与干重之间存在很高的相关性,使其成为一种非破坏性测量植物体积的方法。此外,我们发现在控制照明条件下,基于RGB的绿红归一化差异指数与常用的归一化差异植被指数类似。这些结果表明,三维模型表型学有助于促进植物育种,特别是在草坪和饲料作物领域。
图1 数字表型图像采集系统:(A)采集箱;(B)进出传送带;(C)带有PN532 RFID阅读器的Arduino,用于花盆识别;(D)自动机械臂;(E)带有摄像头、旋转台和标记杆的采集箱内视图。
图2 三维模型的后处理方法的比较。(A)重建的三维模型;(B-D)裁剪方法;(E-G)分割方法。(B,E) (D, G)显示保留的植物部分;(C, F)显示去除的部分。(B)中的红色虚线表示裁剪的区域。
图3 数字估计性状与人工测量的比较:(A)高度,(B)面积,(C)颜色,和(D)体积干重(仅第52周)。绿色方块代表Z. japonica,蓝色三角形代表Z. matrella,红色星星代表Z. pacifica,黄色圆圈代表杂交品种组。黑线代表最佳拟合的线性线。
图4. 使用三维(3D)估计性状的生长分析与传统方法相比。(A)根据三维模型估计的高度。(B) 手工测量的高度。(C) 从三维模型估计的面积。(D) 从俯视二维(2D)图像分析得到的面积。(E) 根据三维模型计算的绿-红归一化差异指数(GRNDI)。(F) 手工测量的归一化差异植被指数(NDVI)。(G) 根据三维模型估计的植物体积。绿色虚线代表Z.japonica "Mayer",蓝色虚线代表Z.matrella "TM9",红色虚线代表Z.pacifica "MZC46024",黄色虚线代表杂交组的 "Emerald"。
Pongpiyapaiboon S, Tanaka H, Hashiguchi M, et al. Development of a digital phenotyping system using 3D model reconstruction for zoysiagrass[J]. The Plant Phenome Journal, 2023, 6(1): e20076.
https://doi.org/10.1002/ppj2.20076
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