利用基于表型组学的机器学习方法测量小麦生物量和叶面积


发布时间:

2023-08-02

来源:

植物表型资讯

作者:

PhenoTrait

基于成像传感器的高通量表型分析(HTP)已成为弥补基因型-表型差异的重要工具。高度解析植物动态生长发育等复杂性状、量化其在植物不同生长阶段的组分性状对解析生物量、产量的遗传基础具有重要意义。

 

近年来,基于RGB图像的生物量预测模型得到了迅速发展。然而,构建一个在不同数据集之间表现稳定的模型是非常具有挑战性的。本研究利用小麦Ra3765和HD2329重组自交系(RILs)的RGB和近红外(NIR)图像,基于来自RGB、NIR传感器和机器学习模型的多模态图像对小麦生物量和叶面积进行无损测量。其中,将几何特征、RGB指数、RGB颜色类别和NIR特征的基于图像的性状(i-Traits) 分为结构特性和生理性状。本文共选择77个i-Traits用于生物量的量化,包括35个结构特征和42个生理性状。

 

研究表明,利用16个机器学习模型可以从RGB和NIR图像中准确地预测与生物量相关的不同性状,如鲜重、干重和地上部面积。另外,将模型应用于连续两年的试验数据,发现测量精度相似,这表明了模型的普适性。 所有与生物量相的关性状均能以90 %左右的精度被估测。其中,模型BLASSO在所有性状和试验中的表现相对稳定且精度较高。基于i-Traits的量化分析发现,生物量积累的决定因素包括结构特性和生理性状。

 

本文结果将有助于小麦生物量积累主要决定因素的鉴定和遗传基础解析,大大提高了植物生物量的非侵入性高通量估测精度。

 

图1 实验地点和设置的图形表示。

 

图2 i-Traits 生物量预测的数据分析和建模管道。

 

图3 两个实验(实验1和实验2)通过表型分析表征所有i性状。

 

图4 跨实验中 i-Traits 性状之间的性状相似性评估。

 

图5 计算每个实验中的皮尔逊相关系数(PCC)以评估i-性状与手动性状之间的关系。

 

图6 在HTPmod中使用predmod对具有i-Traits的地上植物生物量(AGPB)进行无损估计。

 

图7 使用 i-Traits 对 DW 进行无损估计。(一、二)分别在实验1和2中预测DW。

 

图8 使用i-Traits对拍摄区域进行无损估计。

 

图9 回归模型中使用的预测能力和特征(i-特征)的相对重要性估计。

 
 
来 源

Biswabiplab Singh, Sudhir Kumar, Elangovan Allimuthu, et al., 2023. Phenomics based measurement of plant biomass and leaf area in wheat using machine learning approaches. Front. Plant Sci. DOI: 10.3389/fpls.2023.1214801

 

编辑

黑色收音机
 

扩展阅读

推荐新闻

石时之约|韩志国:透过表型数据,看见植物的喜怒哀乐!

本期石时之约,我们将对话慧诺瑞德(北京)科技有限公司总经理、国际植物表型学会(IPPN)执委会委员/工业分会副主席韩志国,一起从表型数据的科学角度,去读懂农作物的喜怒哀乐和前世今生。

慧科研、慧育种、慧种田——慧聚改变的力量

让我们“慧聚”在一起,为“慧科研、慧育种、慧种田”赋能。

高通量植物表型平台建设注意事项

育种,是在给定的环境条件下,选择各种表型指标(产量、品质、抗性)最优的基因型材料的过程(AI育种,从这里起步)。育种工作中大约70%的工作量来自表型观察测量和筛选,是最耗人力物力的过程。

作物生理表型测量基础原理

生理表型测量的核心在于“早、快”,要在肉眼可见之前就能测量并预判出变化趋势,才是这个技术的核心价值。叶绿素荧光成像,恰好满足了这个要求。