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番茄地方品种的遗传多样性

番茄地方品种的遗传多样性

  • 分类:植物表型资讯
  • 作者:PhenoTrait
  • 来源:本站
  • 发布时间:2020-12-31 06:10
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【概要描述】

番茄地方品种的遗传多样性

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番茄(Solanum lycopersicum L.)是一种应用广泛的模式植物,可用于分离复杂性状的基因组基础,从而为现代组学研究和基因组育种提供一个最佳平台。全基因组关联研究(GWAS)已成为筛选大型多样性群体和性状的首选方法。本文对115个番茄地方品种和11个经典、现代品种进行了GWAS分析。

 

对所有形态学和果实品质性状进行主成分分析

 

以126个品种的遗传多样性为背景,分析了26个常规性状、40个数字表型性状、早熟和晚熟期的6个类胡萝卜素含量和21个气候相关变量。结合120个番茄品种的成熟果实转录测序获得的SNP多样性和表型分析获得的数据,确定与表型变异相关的基因组区域。本研究表明,利用果实RNA-Seq-SNP多样性不仅可以有效地识别果实性状变异的基因组区域,而且可以有效地识别与其他植物性状相关的变异以及对气候变化的适应性反应。此外,以前未鉴定的染色体区域被定位为潜在参与可变表型的表达。综上所述,本文进行的番茄采集是宝贵的多样性储藏库和基因发现的极好工具。

 

从结构(A)和DAPC(B)方法获得的种群结构分析

 

使用标准r2系数计算的所有染色体上的连锁不平衡衰减水平,并针对种群结构(rs2),亲属(rv2)以及种群结构和亲属关系(rvs2)校正了r2度量

 

来源:

Rodriguez M, Scintu A, Posadinu C M., et al. GWAS Based on RNA-Seq SNPs and High-Throughput Phenotyping Combined with Climatic Data Highlights the Reservoir of Valuable Genetic Diversity in Regional Tomato Landraces. Genes 2020, 11(11), 1387; https://doi.org/10.3390/genes11111387.

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