表型性状测量误差受遗传控制?


发布时间:

2021-05-27

来源:

本站

作者:

PhenoTrait

性状测量的准确性极大地影响了基因分析的质量。在自动表型分析过程中,性状测量误差,即自动提取的性状值和基本真值之间的差异,称之为随机效应,通常被视为可以通过增加群体规模/重复测量来控制。然后,有证据表明性状测量误差也可能部分受遗传控制。与这一假设一致,我们观察了利用基于图像的表型平台收集的5个玉米(Zea mays)雄穗性状的性状测量误差的遗传贡献。

 

玉米雄穗结构可能会改变表型的准确性

 

“开放”和“封闭”熊雄穗结构的表型准确率不同

 

雄穗的分枝结构是“开放的”还是“封闭的”,其表型准确性也有所不同,而雄穗的分枝结构本身是受遗传控制的。通过全基因组关联研究(GWASs)确定的性状相关SNPs (TASs),对5个雄穗性状进行了手动表型(即地面事实)和通过图像特征提取的表型分析,显示出很少的重叠。此外,对GWASs和TASs之间的差异进行了鉴定,表明其中有一小部分误差是遗传控制的。在高粱(sorghum bicolor)株高数据集中获得了类似的结果,表明性状测量误差是由多个物种和性状的遗传决定的。综上所述,性状测量误差不能简单通过增加群体规模/重复测量数来控制。

 

Mu转座子诱导的lg1基因突变等位基因家系863个个体表型分析

 

基因测量偏差对高通量表型准确性影响的理论解释

 

来源:

Zhou Y, Kusmec A, Mirnezami S, et al. Identification and utilization of genetic determinants of trait measurement errors in image-based, high-throughput phenotyping. The Plant Cell, koab134, https://doi.org/10.1093/plcell/koab134.

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