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用于估算田间泥炭菌落密度的图像分析管道的开发

用于估算田间泥炭菌落密度的图像分析管道的开发

  • 分类：植物表型资讯
  • 作者：PhenoTrait
  • 来源：本站
  • 发布时间：2021-06-05 06:10
  • 访问量：

【概要描述】在这项研究中，我们描述了一种图像分析管道，使用开放存取的计算机视觉包，准确地标注了泥炭藓和估计植物密度。

用于估算田间泥炭菌落密度的图像分析管道的开发

【概要描述】在这项研究中，我们描述了一种图像分析管道，使用开放存取的计算机视觉包，准确地标注了泥炭藓和估计植物密度。

  • 分类：植物表型资讯
  • 作者：PhenoTrait
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泥炭藓在许多泥炭地生态系统的地下水位管理中起着重要的作用。他们可以保持生态系统的饱和状态，减缓有机物的分解和温室气体的释放，促进泥炭地作为碳汇而不是碳源的功能。虽然泥炭地监测和恢复项目最近有所增加，但很少有工具来量化泥炭藓物种在其生态系统中表现出的特征。在泥炭藓的建立和表现中，菌落密度通常被描述为一个重要的决定因素，但这方面的详细证据是有限的。在这项研究中，我们描述了一种图像分析管道，使用开放存取的计算机视觉包，准确地标注了泥炭藓和估计植物密度。

 

图像处理流水线

 

对5个物种的68张HSV S和YCrCb Cb标注的图像以及fallax和papillosum混合菌落的F-measures进行分析

 

该管道使用生长在不同栖息地、不同日期和不同智能手机的不同泥炭藓物种的图像进行验证。研究结果表明，该方法具有较高的准确性，并通过田间2种群密度估算、种内种群密度和种间种群密度及其与栖息地的关系检测，证明了该方法的实用性。综上所述，这一工具将使生态学家和自然资源保护者不需要专门的设备就能迅速获得对泥炭藓密度的准确估计。

 

4个人工计数器和 24 幅图像中的自动计数功能计算数量

 

来源：

Willem Q. M. van de Koot, Larissa J. J. van Vliet，et al. Weilun Chen, et al. Development of an Image Analysis Pipeline to Estimate Sphagnum Colony Density in the Field. Plants 2021, 10(5), 840; https://doi.org/10.3390/plants10050840.

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