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Pheno-Mapper:一种用于表型组数据可视化探索的交互式工具箱

Pheno-Mapper:一种用于表型组数据可视化探索的交互式工具箱

  • 分类:植物表型资讯
  • 作者:PhenoTrait
  • 来源:本站
  • 发布时间:2021-07-27 06:10
  • 访问量:

【概要描述】本文介绍了一个交互式工具箱——Pheno-Mapper,用于对大规模表型组数据进行探索性分析和可视化。

Pheno-Mapper:一种用于表型组数据可视化探索的交互式工具箱

【概要描述】本文介绍了一个交互式工具箱——Pheno-Mapper,用于对大规模表型组数据进行探索性分析和可视化。

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  • 作者:PhenoTrait
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高通量田间收集数据技术使得大规模试验成为可能。收集的数据范围从分子(基因型)到生理(表型特征)以及环境(如天气、土壤条件),统称为表型组数据,代表了一个关于潜在生物系统动态的关键科学知识宝库。然而,由于表型组学信息的多维度和对复杂结构先验知识的缺乏,从中提取信息仍然是一个重大的挑战。本文介绍了一个交互式工具箱——Pheno-Mapper,用于对大规模表型组数据进行探索性分析和可视化。

 

Hippo-X(HX)与Pheno-Mapper特征的比较

 

首先,利用mapper框架对数据进行拓扑分析,然后使用内置的数据分析和机器学习功能呈现可视化表示。研究人员在真实植物(如玉米)表型组学数据集上进行了验证。与现有方法相比,Pheno-Mapper的主要优势在于它对表型数据提供了丰富、交互式进行探索性分析的能力,并且它以一种易于扩展的方式将可视化分析与数据分析和机器学习相结合。特别是,Pheno Mapper允许在数据拓扑摘要的指导下交互式选择子种群,并将数据挖掘和机器学习应用于这些选定的子种群以进行深入探索。

 

Pheno-Mapper 的用户界面

 

来源:

Zhou Y, Kamruzzaman M, Schnable P, et al. Pheno-Mapper: An Interactive Toolbox for the Visual Exploration of Phenomics Data.

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