表型-基因型景观是环境胁迫下详细的表型-基因型数据投影。虽然微生物或微生物群落的表型组学反映了一个或一组基因的功能表达，但代谢性状依然依赖于表型。表型组学有可能改变功能基因组学。这篇综述讨论为什么以及如何发展表型组学。

该综述描述了表型组学如何扩展我们对微生物群落及其功能的理解，概述了在使用Omnilog平台进行表型组学研究中的新兴应用，并对其当前在食品加工过程中乳酸菌(LAB)代谢特性的应用进行修订。LAB可作为一个合适的模型来分析和讨论这个新兴组学方法的实施和开发。本文引入了“表型转换”，作为一种新型表型微阵列方法，获得细菌生理学的见解。另外，本文还提供了管理和分析生成数据的方法和工具。最后，对目前的pipeline，包括最具创新性的pipeline，进行了利弊分析结果发现一个R-pipeline，它能够自动分析Omnilog数据，集成最新的方法并实现本文描述的新概念。

来源：

Acin-Albiac M, Filannino P, Gobbetti M, et al. Microbial High Throughput Phenomics: The Potential of an Irreplaceable Omics. Computational and Structural Biotechnology Journal. https://doi.org/10.1016/j.csbj.2020.08.010.